Service Pack 3（v2.0.2019.0417）で修正済みです。
Service Pack 3（v2.0.2019.0417）より前のバージョンでは次の回避方法が有効です。
------------------------------------------

以下のコードにより、上記手順8.のときにOKボタンを無効（押下できない）状態にします。

◎サンプルコード(C#)

private void Window_Loaded(object sender, RoutedEventArgs e)
{
　　EventManager.RegisterClassHandler(typeof(CustomAutoFilterWindow),
　　　　Window.LoadedEvent, new RoutedEventHandler(CustomAutoFilterWindow_Loaded));
}

private void CustomAutoFilterWindow_Loaded(object sender, RoutedEventArgs e)
{
　　var filterWindow = sender as CustomAutoFilterWindow;
　　Button okBtn = null;
　　ComboBox filterCompareType1 = null;
　　ComboBox filterCompareType2 = null;
　　Action findControls = null;
　　findControls = obj =>
　　{
　　　　var childCount = VisualTreeHelper.GetChildrenCount(obj);
　　　　for (int i = 0; i < childCount; i++)
　　　　{
　　　　　　var current = VisualTreeHelper.GetChild(obj, i);
　　　　　　var btn = current as Button;
　　　　　　if (btn != null && btn.IsDefault)
　　　　　　{
　　　　　　　　okBtn = btn;
　　　　　　}
　　　　　　else
　　　　　　{
　　　　　　　　var cmb = current as ComboBox;
　　　　　　　　if (cmb != null && !cmb.IsEditable)
　　　　　　　　{
　　　　　　　　　　int gridRow = Grid.GetRow(cmb);
　　　　　　　　　　if (gridRow == 0)
　　　　　　　　　　{
　　　　　　　　　　　　filterCompareType1 = cmb;
　　　　　　　　　　}
　　　　　　　　　　else if (gridRow == 2)
　　　　　　　　　　{
　　　　　　　　　　　　filterCompareType2 = cmb;
　　　　　　　　　　}
　　　　　　　　}
　　　　　　　　else if (current is Panel)
　　　　　　　　{
　　　　　　　　　　findControls(current);
　　　　　　　　}
　　　　　　}
　　　　}
　　};
　　findControls(filterWindow.Content as DependencyObject);

　　if (okBtn == null)
　　{
　　　　return;
　　}
　　if (filterCompareType1 == null)
　　{
　　　　return;
　　}
　　if (filterCompareType2 == null)
　　{
　　　　return;
　　}
　　if (filterCompareType1.SelectedIndex == -1 || filterCompareType2.SelectedIndex == -1)
　　{
　　　　okBtn.IsEnabled = false;
　　}

　　_okBtn = okBtn;
　　_filterCompareType1 = filterCompareType1;
　　_filterCompareType2 = filterCompareType2;

　　filterCompareType1.SelectionChanged += FilterCompareType_SelectionChanged;
　　filterCompareType2.SelectionChanged += FilterCompareType_SelectionChanged;
}

private Button _okBtn;
private ComboBox _filterCompareType1 = null;
private ComboBox _filterCompareType2 = null;

private void FilterCompareType_SelectionChanged(object sender, SelectionChangedEventArgs e)
{
　　_okBtn.IsEnabled = _filterCompareType1.SelectedIndex != -1 && _filterCompareType2.SelectedIndex != -1;
}