Service Pack 1（v2.0.2018.0706）で修正済みです。
Service Pack 1（v2.0.2018.0706）より前のバージョンでは次の回避方法が有効です。
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RowCollectionChangedイベントを使ってフィルタ機能を無効にします。同様に、すべての行が非表示の場合にフィルタ機能を無効にします。

◎サンプルコード（VB.NET）

Private Sub GcSpreadGrid1_RowCollectionChanged(sender As Object, e As GrapeCity.Windows.SpreadGrid.SpreadCollectionChangedEventArgs) Handles GcSpreadGrid1.RowCollectionChanged
　　If GcSpreadGrid1.RowCount = 0 Then
　　　　GcSpreadGrid1.CanUserFilterColumns = False
　　Else
　　　　GcSpreadGrid1.CanUserFilterColumns = True
　　End If
End Sub

Private Sub Button1_Click(sender As Object, e As RoutedEventArgs) Handles Button1.Click
　　GcSpreadGrid1.Rows(0).IsVisible = False

　　GcSpreadGrid1.CanUserFilterColumns = False
　　For Each row As GrapeCity.Windows.SpreadGrid.Row In GcSpreadGrid1.Rows
　　　　If row.IsVisible Then
　　　　　　GcSpreadGrid1.CanUserFilterColumns = True
　　　　　　Exit For
　　　　End If
　　Next
End Sub

◎サンプルコード(C#)

private void GcSpreadGrid1_RowCollectionChanged(object sender, GrapeCity.Windows.SpreadGrid.SpreadCollectionChangedEventArgs e)
{
　　if (GcSpreadGrid1.RowCount == 0)
　　{
　　　　GcSpreadGrid1.CanUserFilterColumns = false;
　　}
　　else
　　{
　　　　GcSpreadGrid1.CanUserFilterColumns = true;
　　}
}

private void Button1_Click(object sender, RoutedEventArgs e)
{
　　GcSpreadGrid1.Rows[0].IsVisible = false;

　　GcSpreadGrid1.CanUserFilterColumns = false;
　　foreach (GrapeCity.Windows.SpreadGrid.Row row in GcSpreadGrid1.Rows)
　　{
　　　　if (row.IsVisible)
　　　　{
　　　　　　GcSpreadGrid1.CanUserFilterColumns = true;
　　　　　　break;
　　　　}
　　}
}