SPREAD for WPFのフィルタリング機能は、データ自体が同じ場合には、表示書式の有無に関わらず同じものとして扱います。
たとえば、"あいうえお"のデータが複数あり、表示書式なしのセル（"あいうえお"）および、表示書式付きのセル（"【あいうえお】"）が存在する場合、フィルタリングでは同じものとして扱われます。

このため、フィルタリングのドロップダウンに表示される項目は、"あいうえお" または"【あいうえお】"のいずれかに統一されますが、このときに表示される内容は、先頭行に近いほうの表示が優先される動作になっています。
たとえば、１行目のセルに"【あいうえお】"、２行目のセルに"あいうえお"が表示されている場合は、フィルタリングのドロップダウンには、"【あいうえお】"のチェックボックスが表示されます。また、逆の場合には、"あいうえお"のチェックボックスが表示されます。