セルを書式設定("0"と設定)したときに、SpreadJSの四捨五入結果がExcelと異なった結果となります。

この現象はJavaScript側の計算仕様に起因する問題となります。
SpreadJSではJavaScript標準のMath.roundメソッドにより四捨五入を実現しており、実行結果は
以下のような結果となります。

Math.round(-1.5) -> -1
Math.round(-0.5) -> -0