Service Pack 4（v10.0.4007.2013）で修正済み。
Service Pack 4より前のバージョンでは次の回避方法が有効です。
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下記のように、条件付き書式設定の前後で明示的にSheetView.ReferenceStyleを設定する方法が有効です。

protected void FpSpread1_ChildViewCreated(object sender, CreateChildViewEventArgs e)
{
　　// ReferenceStyleをA1に設定（回避策として追加します）
　　e.SheetView.ReferenceStyle = FarPoint.Web.Spread.Model.ReferenceStyle.A1;

　　// 子シートにボタン型セルの列を追加
　　e.SheetView.AddColumns(3, 1);
　　e.SheetView.Columns[3].CellType = new FarPoint.Web.Spread.ButtonCellType("test2");

　　// 子シートへの条件付き書式の設定
　　FormulaConditionalFormattingRule frule1 = new FormulaConditionalFormattingRule("$B1<>¥"¥"");
　　frule1.BackColor = Color.Red;
　　e.SheetView.SetConditionalFormatting(0, 0, e.SheetView.NonEmptyRowCount, 3, frule1);

　　// ReferenceStyleをR1C1に設定（回避策として追加します）
　　e.SheetView.ReferenceStyle = FarPoint.Web.Spread.Model.ReferenceStyle.R1C1;
}