この問題はバージョン3.1.2で修正されました。
※修正版を適用しない場合の回避方法は以下の通りです。

下記の回避方法１もしくは回避方法２のいずれかを実行します。

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Workbook wb = new Workbook();
IWorksheet ws = wb.Worksheets[0];

ws.Range["D2"].Value = "色あり";
ws.Range["D2"].Borders.LineStyle = BorderLineStyle.Thin;
ws.Range["D2"].Borders.Color = System.Drawing.Color.Black;
ws.Range["D2"].Borders.LineStyle = BorderLineStyle.None;

// 回避方法１
ws.Range["D2"].Borders.ColorIndex = -1;

// 回避方法２
foreach (BordersIndex index in Enum.GetValues(typeof(BordersIndex)))
　ws.Range["D2"].Borders[index].LineStyle = BorderLineStyle.None;