この問題はバージョン3.2.2で修正されました。
※修正版を適用しない場合の回避方法は以下の通りです。

(1)スタイルやフォントを指定する対象が「シート内で使用しているセル範囲の全体」である場合は、次のようにIWorkSheet.UsedRangeプロパティを使用してください。

worksheet.UsedRange.Font.Name = "Meiryo UI";


(2)スタイルやフォントを指定する対象が「未使用領域も含めたシート内の全セル範囲」である場合は、次のようにIWorkSheet.Rangeプロパティを使用して、その範囲として"A:XFD"（A列～XFD列：XFDは16,384列目）を指定してください。

worksheet.Range["A:XFD"].Font.Name = "Meiryo UI";