この問題はバージョン3.1.2で修正されました。
※修正版を適用しない場合の回避方法は以下の通りです。

下記のように、ワークシートをコピーする前にワークブックのCalculateメソッドを実行することで回避できます。

var srcBook = new Workbook();
var srcSheet = srcBook.Worksheets[0];
srcSheet.Range["A1"].Value = "A1";

srcBook.Calculate(); //回避策

var destBook = new Workbook();
var destSheet = destBook.Worksheets[0];
srcSheet.CopyBefore(destSheet);
destBook.Save("Dest.xlsx");