チャートの存在するxlsxファイルをGcExcelで読み込み、チャートのIAxis.HasMajorGridlinesプロパティや IAxis.HasMinorGridlinesプロパティにfalse を設定しても、保存後のxlsx上では目盛線が非表示になりません。
なお、この問題はGcExcelで新規にチャートを作成する際には発生せず、正常に動作します。

この問題はバージョン4.1.2で修正されました。
※修正版を適用しない場合の回避方法は以下の通りです。

IChart.ChartTypeプロパティにてチャート種を一旦変更すると、目盛線を非表示できます。
例えばChartTypeがLineの場合、下記のように一旦別の値に変更後、再度Lineに設定し直します。

shape.Chart.ChartType = ChartType.LineMarkers;
shape.Chart.ChartType = ChartType.Line;