GcExcelは列幅の計算にフォントを使用しています。​
Workbook.FontsFolderPathプロパティにて指定したフォルダに該当のフォントが格納されていれば、PDFエクスポート時に列幅が正しく計算され出力されます。
しかし、DockerにてPDFエクスポートを行う際、Workbook.FontsFolderPathプロパティをWorkbook.Openメソッドの後に設定した場合、列幅が正しく出力されません。
この現象は仕様上の制限事項です。

Dockerにて正しい列幅でPDFエクスポートを行うには、Workbook.FontsFolderPathプロパティをWorkbook.Openメソッドの前に設定してください。