​​​ワークシートのヘッダー/フッターにファイルパスおよびファイル名を設定し、それらをPDFに出力する際、以下の制限事項があります。
なお、GcExcelではファイル名を"&F"、ファイルパスを"&Z"で、MS Excelではファイル名を"&[ファイル名]"、ファイルパスを"&[パス]"でヘッダー/フッターに設定できます。

1.既存のファイルを読み込む際の制限
ファイルパスは、読み込むファイルのフルパスではなく、Workbook.Openメソッドにて指定したパスがヘッダー/フッターとしてPDFに出力されます（GcExcelはファイルのパスを自動的に取得することができないため）。
次のような場合、「temp\」がファイルパスとしてPDFに出力されます。

workbook1.Open(@"temp\Sample.xlsx");

フルパスを出力したい場合は、Workbook.Openメソッドにてファイルをフルパスで指定するか、Workbook.Pathプロパティにフルパスを設定します。

2.ワークブックを新規作成する際の制限
ワークブックを新規作成した場合、ファイルパスおよびファイル名はデフォルトでは設定されません。そのため、ヘッダー/フッターとしてPDFに出力されるファイルパスは一律「\」となり、ファイル名は出力されません。
任意の値を設定したい場合は、ファイルパスはWorkbook.Pathプロパティにて、ファイル名はWorkbook.Nameプロパティにて設定が可能です。